Juleforberedelsene er i full gang, men 12 år gamle Cecilie er alvorlig syk og tilbringer mesteparten av tiden på rommet sitt. Hun dagdrømmer om Sebastian, en spansk gutt hun forelsket seg i da hun var på ferie med familien sist sommer. 

En natt dukker en merkelig fyr opp på Cecilies rom: han heter Ariel og påstår at han er en engel. Han legger ut om livet og evigheten og Guds såpebobler, før han plutselig forsvinner igjen. Men han kommer tilbake, og til slutt gjør Cecilie og Ariel en avtale: hvis Cecilie forteller engelen om hvordan det er å være menneske, så skal Ariel fortelle henne om himmelens mysterier. 

I et speil, i en gåte er en rørende, magisk og leken historie om en ung jente som lærer å akseptere døden og forstår hvor vidunderlig livet egentlig er. Manuset til filmen er skrevet av filmens regissør Jesper W.Nielsen, og er basert på romanen til Jostein Gaarder.